SOS: Cả nhà ơi giúp e với ah!!!!

Cty em vừa rồi có đoàn thuế vào kiểm tra và đã loại ra một số chi phí của công trình với các lý do sau:
1. Công trình phát sinh chi phí treo dở dang trên TK 154 (nhưng chưa làm việc với chủ đầu tư để ký hồ sơ thanh quyết toán) => Thuế yêu cầu loại bỏ chi phí của công trình này với lý do phát sinh chi phí nhưng không có doanh thu (?)
2. Công trình đã thanh quyết toán và có hồ sơ nhưng lỗ lũy kế của công trình lớn => Thuế chỉ chấp nhận phần giá vốn tương ứng với doanh thu. Nhưng công trình bên e chi phí phát sinh nhiều, do không tiếp tục thực hiện nên đã quyết toán và bên e phải chịu những khoản chi phí đã bỏ ra dẫn đến công trình bị lỗ.
3. Công trình đã dừng thi công và không được CĐT thanh toán, tuy nhiên phần dở dang trên TK 154 vẫn còn=> bên Thuế yêu cầu loại chi phí này vì đã ko còn được CĐT ghi doanh thu.

Vậy thì: Công trình phát sinh chi phí và có chi phí dở dang nhưng không được chủ đầu tư đồng ý nghiệm thu, thanh toán phần dở dang đấy thì chi phí sẽ bị loại ra khỏi chi phí hợp lý: CĂN CỨ của bên Thuế để đưa ra ý kiến như vậy được quy định ở đâu?
Ngoài ra, nếu loại các khoản chi phí trên thì phần thuế VAT đầu vào tương ứng với các khoản chi phí bị loại sẽ bị giảm thuế VAT đầu vào: phần này được quy định ở văn bản nào thế ạ?
Mấy hôm nay e tìm nhưng ko hiểu tìm sai từ khóa hay chưa đọc đúng tài liệu mà chưa tìm ra được các căn cứ của bên Thuế với các nội dung trên.
Mong cả nhà nhiệt tình giúp đỡ e vụ này ah,
E cảm ơn ah!!!!

Tình huống kế toán – Nguồn: Internet